云南公司目前内设行政管理部、财务部、检验鉴定部、审核部、农食部、市场部、培训客服部、业务发展部七个部门，机场、车站二个办事处，下设红河、版纳、普洱、腾冲、文山、怒江、江城七个分公司以及腾冲中检珠宝检测有限公司、瑞丽中检测试审核是有限的子公司、河口中检考验企业认证限制公司的、临沧中检检查审核不足工司、勐腊中检检测资质认证现有工司五个子公司，云南中检测试科技有限公司、云南中检检验检测技术有限公司、云南中检安信检测有限公司、云南中检生态环境工程技术有限公司四个控股合资子公司。